如果我們視第一部是序章，代表作者把整個小說的舞台設定好，那麼，來到第二部，作者想說明的各個科學或科幻主題，就一一出台了。
從全書來說，這一部要回答的最主要問題，就是費米悖論。這位諾貝爾文學獎得主在1950年問了一個問題，「那麼其他人呢？」他的意思是，以宇宙的行星數目再加上宇宙的年歲，如果地球不是特例，應該有大量的文明成長在不同的行星上。既然如此，為什麼我們一個外星人也見不到，甚至一條訊息也收不到呢？
這悖論引來很多人的討論，而小說以自己的特定處境，建立了「黑暗森林」的假設，意圖說明，宇宙確實有很多文明，但是它們並不會輕易把自己存在的訊息，告訴別人。
黑暗森林的定理，首先有兩個基本設定：
(1) 生存是文明的第一需要；
(2) 文明不斷發展增長，但宇宙內的總質量定額不變。
這構成文明間的基本衝突。
然後，由於星體間的遙遠距離屬不可克服的交往困難，而在這客觀條件下，就有所謂的「猜疑鏈」，即兩個文明如果得悉對方的存在，沒有辦法不懷疑對方有不良動機。小說裡是這樣說：
首先，A文明不能判斷B文明是善是惡；
然後，即使B文明是善，A文明也不能判定B文明是否視A文明是善；
在這個博奕下，把對方假設為善，是最不智的做法。雖然如此，如果科技的發展是均速的，這個因遙遠距離的溝通鴻渠，本來也可以慢慢填補，只要兩個文明中科技較先進的一方，派人到低科技的一方瞭解，如果彼此都是善意，就可以有合作溝通等可能。但是，小說作者再加入一個因素：技術爆炸。這是指文明的科技不一定是漸進式，可以在很短時間內有爆炸式的進步，所以本來是文明程度較高的一方，可以在探索的過程裡，變成平勢甚至劣勢的一方。
在作者的定理裡，還有一點沒有加進去的，就是宇宙的文明數量，是巨量。在巨量下，只要有一定數量的文明，信奉以上的原則，黑暗森林的假設，就已經可以成立了。
作者苦心設計的黑暗森林設想，就要說明，為什麼我們沒有外星人的訊息，同時，也是這一部曲的主旋律，整本書的推進，就是主角羅輯如何想明白黑暗森林設想，從而想到威脅三體星人的方法，讓地球免於被佔。
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